Baznīca būvēta 1940. gadā pēc samazināta Kauņas Kristus Augšāmcelšanās baznīcas plāna, modernā stilā. Centrālais altāris, abi sānu altāri un kancele darināti 1809. gadā renesanses stila kokgriezumos. Baznīcā skatāmas Vissvētākās Jaunavas Marijas, Svētā Jāņa, Svētā Pētera un Pāvila tēli un Svētā Ignācija tēls. Gan altāri, gan statujas ir pārvestas no Roķišķu katoļu baznīcas (Lietuva). Pārējais Aknīstes katoļu baznīcas pamatinventārs - baznīcēnu soli, biktskrēsls, ir saglabājušies no vecās baznīcas (celta 1774.gadā, nojaukta ~ 1985.gadā).
Baznīcai ir viens tornis, kurā iekārts 180 kg smags zvans. Baznīca ir 28 metrus gara, 15 metrus plata un 10 metrus augsta ķieģeļu mūra celtne.
Iepretim esošajai baznīcai atrodas vecās katoļu baznīcas (1774) vieta, kurā patlaban skatāms koka krusts (novietots kādreizējā altāra vietā). Vienīgā saglabājusies liecība par bijušo baznīcu ir sarkano ķieģeļu baznīcas vārti, kas ir kļuvuši par Aknīstes pilsētas vizuālās atpazīstamības simbolu.